XIX a. – XX a. vid. Naujosios žydų kapinės buvo įkurtos maždaug 400-600 metrų nuo senųjų. Netoliese šios vietos dabar stovi Kupos pradinė mokykla bei Kupiškio ligoninė (Krantinės g. 24, 28.). Deja, sovietmečiu, Lietuvoje pravilnijus žydų kapinių naikinimo vajui, šios žydų kapinės buvo uždarytos (apie 1970 m.), paminklai nugriauti ir panaudoti miestelio gatvių ir grindinių tiesimui. Liko tik keletas antkapių su įrašais hebrajų kalba, po Nepriklausomybės atkūrimo atstatytų buvusios kapinių teritorijos pakraštyje.